在新世纪福音战士OL中，玩家是以指挥官的形态进行游戏的。在游戏中你就是成为在原作中负责指挥EVA的冷静思考，随机应变的指挥官们，以宏观的游戏角度去安排你的EVA，驾驶员和指挥官技能。
指挥官系统是新世纪福音战士OL中的核心策略系统之一。正是这指挥官系统让玩家能够充分的去思考游戏，在面对不同的副本难度和活动的时候能够深思熟虑拟定策略后作出的最优化方案。
在游戏中指挥官等级决定了玩家的EVA，驾驶员以及装备的最大等级。指挥官最大的特色就是在游戏中，除了控制EVA的怒气技和合体技之外，还添加了指挥官技能。让玩家可以在战斗前合理分配最适合的指挥官技能，在战斗中巧妙的使用指挥官技能，从而达到影响战局的作用。
指挥官技能总共分为六种。但是在战斗中只能携带两种。所以需要我们在不同的战斗环境下进行分配。需要注意的是在战斗中，选择的两个指挥官技能之间有1s的公共冷却时间。
愈合：为己方全体单位回复百分比生命值，冷却30s。立刻回复，只有一回合效果。
怒火：提升己方全体单位百分比攻击，持续2回合，冷却30s。增加攻击buff。
AT护盾：为己方全体单位增加护盾，抵挡百分比生命伤害，持续2回合，冷却30s。
虚弱：降低敌方所有单位的百分比防御，持续2回合，冷却30s。
净化：随机清除一个己方单位的全部debuff，冷却30s。
驱散：随机清楚一个敌方单位的全部buff，冷却30s。
战斗中的几个典型指挥官技能选择推荐：
1、普通副本：由于普通副本的推进在等级装备的成型下推进比较简单。在自己EVA防御能力比较强的时候，如拥有零号机。可以使用“怒火+治疗”既保证自己的生存，也大大加强了自己的攻击能力。注意“怒火”在合击技能量前施放威力更显著哦。在自己EVA防御能力比较弱的时候，可以使用“治疗+AT护盾”组合来保证自己的输出。
2、使徒入侵：在历练的使徒入侵活动中，玩家只可生存6回合就会被强大的使徒击败。如何在6回合内打出最大的输出，指挥官技能在这里建议使用“怒火+虚弱”搭配，从而让自己的伤害最大化。
3、 虚拟训练：在历练的虚拟训练活动中，由于关卡的通关条件不一样，这里更需要玩家注意指挥官技能的搭配。如需要在几回合内获胜就可使用“怒火+虚弱”的强大攻击组合，需要不死亡一人的时候就可使用“治疗+AT护盾”的终极防御组合。
4、竞技场：在竞技场就需要搭配自己的EVA来选择指挥官技能了，这里需要玩家自己在对抗玩家时的经验，和对方的EVA搭配，从而判断和分析自己该选择的指挥官技能。
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