口袋妖怪3D目前版本中副本活动主要包括：火箭队来袭、竞技场、试炼之塔和精英副本。
人物到达11级后，便能参与火箭队来袭活动。玩家通过挑战受感染的精灵，根据造成的伤害排行，获得声望和功勋，兑换进阶果实、进化基因、装备、等奖励。
玩家推图胜利、探索时有概率触发感染事件。出现的受感染精灵存在一段时间，若一段时间内未被击杀，该感染精灵会逃跑。
在前一次触发的感染精灵未消失前，都不会触发新的感染。每次挑战受感染的精灵需消耗1点活力，玩家可选择消耗2活力，伤害提升2.5倍。触发感染的玩家攻打感染精灵1次后，如果感染精灵未死亡，可以让请好友帮忙攻打。
攻打感染精灵可获得奖励，奖励为经验、银币、声望。召唤者在感染精灵死亡后可获得额外银币奖励，补刀者也将获得额外声望奖励。
人物到达14级后可参加竞技场的挑战活动，每次挑战需消耗1点精力，赢取竞技场排行积分。玩家每日拥有10次的挑战次数， vip等级越高，每日挑战次数越多。挑战次数用完，将不可挑战，需要到商店购买挑战书增加挑战次数。玩家按照排名结算奖励积分，名次越高，1小时内获得的积分越多。竞技场积分可用于兑换潜力丸、橙色宠物的进化基因等奖励。
人物到达23级后，便能开启试炼之塔的活动。玩家每天可以参与爬塔，获取丰富的奖励。每天结算爬塔排行榜，爬塔层数越高、获得积分越多，排行榜名次越靠前。
每层塔分别提供玩家3个选择，难度不同，可获得的积分倍数不同，最难的可获得3倍积分，次之的2倍积分，最简单的1倍积分。
武神塔每3层可消耗能量兑换属性，玩家获得的能量等于获得的积分，不同的是能量可通过兑换属性消耗掉，积分不会被消耗。
可兑换的属性为力量、智慧、技巧3种。爬塔每5层都会有奖励，当爬塔超过20层时，每层会有概率出现随机奖励。
人物到达21级后，便能参与精英副本活动。玩家通关一个普通副本，开启与之对应的精英副本的关卡，玩家每日有3次挑战次数，战斗失败不消耗。玩家挑战精英副本成功后，有几率获得极品装备和碎片。
口袋妖怪宠物相关资料：口袋妖怪宠物图鉴
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